通常都是用的水冷的方法使得温度降低，利用锅炉的余热使得附着的水分得以蒸发，但一定要掌握好度，因为冷却太过之后，水分就不易蒸发掉了，容易引起锈蚀或微生物的再次污染 。
在整个冷却历程中，冷却水由抽水泵从缓冲水箱内灌入灭菌锅炉内部，冷却水进口有底部二支喷水管，各喷水管有三排喷水孔，可包管冷却水能充分均匀地射向灭菌锅炉内 。
由于锅炉的顶部设有溢水阀，所以当冷却水满水后将连续溢流 ；在锅炉的侧面另有玻璃管水位计，用以指示锅内水位，并经由水位操控器进行主动冷却操作，冷却结束后由排水阀排水 。
从灭菌锅炉中排出的冷却水会先被排到车间外的地下水池中，地下水池做间隔，一半水池使灭菌锅排出的冷却水先天然沉积，经过沉积及滤网过滤后进入另一半水池，然后经过离心泵将操控余氯值0.5PPM以上的冷却水打到房顶冷却塔中 。
随后经过冷却塔的降温后，流入冷却塔的缓冲水箱中，灭菌锅炉在作业历程中需要加灌冷却水的时候，就可以由冷却塔缓冲水箱内的水直接供应，实现了锅炉冷却水的闭式循环，减少不须要的损失 。
